پس از عقد قرارداد پروژه مراحل اجرا، نظارت و كنترل پروژه آغاز مي‌شود و بر اساس "دستورالعمل نظارت بر پروژه‌هاي تحقيقاتي" ناظر/ناظرها بعنوان نماينده كارفرما بر حسن انجام پروژه نظارت مي‌نمايند. دفتر تحقيقات در حين اجراي پروژه، وظيفه نظارت عاليه و كنترل حسن اجراي ضوابط و مقررات مربوط به پروژه را بعهده خواهد داشت. هرگونه تغيير در مفاد تعريف پروژه و يا تغيير همكاران اصلي پروژه در هر مرحله از انجام پروژه منوط‌ به تاييد ناظر و مرجع تصويب كننده قرارداد (كميته مركزي تحقيقات) مي‌باشد.